Doce años atrás, el zorro demonio de nueve colas (Kyūbi, 九尾) atacó la Villa Oculta de la Hoja (Konoha gakure no sato, 木ノ葉隠れの里) hasta que uno de sus líderes (el 4º Hokage, 四代目火影) lo venció sacrificando su propia vida para sellar al zorro en el interior de un niño recién nacido. El nombre de aquel niño era Naruto Uzumaki.
El cuarto Hokage (Yondaime) fue recordado como héroe por sellar al zorro de nueve colas. Él quería que Naruto fuera recordado como un héroe también, pero éste creció con el desprecio de su pueblo, ya que lo veían tan sólo como el zorro que había asesinado a sus familias y destruido su pueblo.
Naruto creció como un huérfano, sin amigos o reconocimiento excepto de su maestro Iruka, que había sido como él. Él no podía hacer volver a sus padres o forzar a la gente a ser sus amigos, así que buscó reconocimiento del único modo que conocía, con travesuras. Pero eso iba a cambiar pronto. Naruto está a punto de realizar el examen de graduación de la academia ninja, una puerta a acontecimientos y gente que cambiarán y definirán su mundo y su camino de ninja para el resto de su vida.
Naruto mantiene un equilibrio entre drama y comedia. Se basa en el crecimiento de Naruto y sus amigos como ninjas dando énfasis en las interacciones entre éstos y cómo el pasado ha influenciado sus personalidades. Naruto ha encontrado dos amigos y compañeros de su misma edad, Sasuke Uchiha, quien también es su eterno rival y Sakura Haruno, de quien está enamorado, aunque Sakura está enamorada de Sasuke. Los tres forman el Equipo 7 bajo la guía del experimentado Jounin Kakashi Hatake. Cada uno con un sueño individual, los llevará a aprender nuevas habilidadas y técnicas para lograr su objetivo.
Tras algunas misiones con su grupo, tiene lugar uno de los dos exámenes anuales para alcanzar el rango de chunin. El grupo de Naruto y otros más de Konoha, junto con otros ninjas de otras villas participan en la competición. Sin embargo, ésta se ve interrumpida por un ataque sorpresa que Orochimaru, en alianza con la aldea del viento, realiza. Esto provoca la muerte de Sandaime, y la forzosa elección de un nuevo Hokage, puesto que ocupa Tsunade, con el título de Godaime.
En el siguiente tramo de la historia, se revela que Sasuke es el último de su clan, el Uchiha, porque su hermano mayor Itachi los asesinó a todos, y huyó de la aldea. Se muestra que la principal motivación de Sasuke para ser el mejor es poder matar a su hermano algún día, y hacer resurgir su clan. La aparición de éste buscando capturar a Naruto para una misteriosa organización de ninjas de élite llamada Akatsuki acelera la historia. Por otra parte, Orochimaru, en su ansia de poder, se fija en Sasuke, al cual convence para que se le una a cambio de fuerza para matar a su hermano. Acaba así la primera parte de la historia.
En este punto, manga y anime divergen. En el manga se narra el Kakashi gaiden, sobre el pasado del Jounin, y se pasa directamente a la siguiente parte, que ocurre tres años después de la marcha de Sasuke. En el anime, se inició la emisión de numerosas aventuras secundarias que supuestamente transcurren en esos tres años. Este relleno ha sido alargado para dar tiempo a la historia del manga a avanzar lo suficiente. Se espera que éste finalice hacia mediados de febrero de 2007.
